單菌全基因組測序檢測

原創發布者：北檢院發布時間：2025-04-09 點擊數：

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<!DOCTYPE html> <html> <head> <title>單菌全基因組測序檢測技術解析與應用</title> <meta charset="UTF-8"> </head> <body> <h1>單菌全基因組測序檢測技術解析與應用</h1> <h2>導語</h2> 單菌全基因組測序（Whole Genome Sequencing, WGS）是一種通過對單一微生物菌株的完整基因組進行高通量測序，揭示其遺傳信息、功能基因及進化特征的核心技術。本文從檢測樣品、項目、方法及儀器角度，系統闡述其應用流程。 <h2>檢測樣品</h2> 適用于細菌、古菌或真菌的純培養菌株。樣品需滿足DNA純度（OD260/280=1.8-2.0）、濃度≥20 ng/μL且基因組完整性高。常見樣本類型包括環境分離菌株、臨床病原菌及工業發酵菌種。 <h2>檢測項目</h2> 核心分析內容包括：基因組從頭組裝與注釋、毒力因子鑒定、抗生素耐藥基因篩查、次級代謝產物合成基因簇預測、核心/泛基因組分析及系統發育樹構建。可選附加服務涵蓋CRISPR序列識別、質粒圖譜繪制及表型-基因型關聯分析。 <h2>檢測方法</h2> 采用Illumina短讀長測序與Nanopore/Oxford Nanopore長讀長測序相結合的混合組裝策略。實驗流程分為四階段：①超聲破碎法制備350 bp插入文庫；②Illumina平臺雙端測序（2×150 bp）；③Nanopore連續測序獲取>10 kb讀長；④SPAdes軟件進行混合組裝優化。 <h2>檢測儀器</h2> 主要設備包括：Illumina NovaSeq 6000高通量測序儀（通量18-44 Tb/run）、Oxford Nanopore PromethION（實時單分子測序）、Qubit 4.0熒光定量儀（DNA精準定量）及Covaris M220聚焦超聲儀（片段化控制）。質控階段使用Agilent 4200 TapeStation進行DNA完整性評估。 <h2>結語</h2> 單菌全基因組測序為微生物分類鑒定、致病機制研究和工業菌種改良提供分子基礎。本檢測方案通過多平臺數據整合，顯著提升基因組組裝完整度（N50>200 kb），支持菌株水平的精準分子診斷與功能挖掘。 </body> </html>